Chapter1 Pythonとソフトウェア環境

当記事は・・・
参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」を勉強中の初心者まじめちゃんが、本書の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。
めざせ脱バイオインフォ初心者!

もしバイオインフォマティクスをやったことがないのであれば、Pythonや解析ソフトウェアを使うための環境構築が必須です。

これが結構時間がかかるって言われてるんですけど、私はその中でもかなーり時間を使った方だと思います。なぜなら、どういう順番で環境を整えなければならないかわからなかったから。

初心者すぎて他の人の参考になるか分からないけれど、記事にしてみようと思います。

LinuxとAnacondaで解析を行う初心者の方には参考になるかもしれません・・・

まず、Linux or Mac OSを使えるようにしなきゃいけない

正直な話この参考書を勉強するまでlinuxってよく聞くけど何かわかっていませんでした。 linuxはwindowsやmacと同じコンピューターオペレーティングシステムのことです。コンピューターを動作させるために裏で回ってるシステムって感じですかね。バイオインフォマティクスツールを回すためにはlinuxがベストと言われています。macでも充分できるそうですが。

さて、そんな私はwindowsを使っていました。

Windowsは残念ながら、どのサイトを見てもバイオインフォマティクスを行ううえではお勧めされていませんでした。

そこでいろいろなサイトを参考にwindows subsystem for linux (WSL) をインストールしようとしたのですが、これが全然できませんでした。最終的に分かった原因は、マイパソコン(母のおさがり)がwindows 8だったから!これを機にとwindows11のノートパソコンを購入したら一瞬で設定できました。

【感激】Windows11のwslでUbuntuインストールしてみた (totno.net)

こちらの記事を参考にWindows power shellにて以下のコマンドを打ち込めばWSLが使えるようになりました!!(あれだけ苦労したのは何だったのか・・・)

wsl –install -d Ubuntu

つぎに、linux版Anacondaをインストールする

この記事を参考にしました。ただし、linux版をインストールすること!

私はwindows版をデスクトップにおとしたりしてあたふたしてました。

下のサイトを参考にインストールしました。

Linux版Anacondaのインストール: Python環境構築ガイド – python.jp

私が行った際はpython3を選びました。

そしたら、Anaconda上で必要なソフトウェアなどをインストールする

Linux版anacondaを使えるようになったらようやくソフトウェアをインストールできます!

pandas やら numpyやら好きなソフトウェアをインストールしてください。

でも焦らなくて大丈夫です!万が一インストールしてない状態で解析してしまっても、「そんなモジュールないです」って教えてくれます。

なので、逐一インストールするでもOKかと思います。

ターミナルで以下のコードを入力するとソフトウェアをインストールできます。

conda install ソフトウェア

エディターってなに?

ここからはオプショナルですが、やった方が良いです!

エディターとはコードの編集やソフトのインストールなどなどを行う「場」のことです。

特定のコードに色付けがされたり、自動入力したりとエディタによって特徴があります。

私はVisual Studio Codeとjupyter notebookを使っています。

jupyter notebookはコードと帰ってきた結果も綺麗に残せて復習するのに良いです。

Visual Studio Codeは個人的にはjupyter notebookよりコードの色分けや自動入力の素早さが好きです。

一度jupyter notebookでメモリが足りなくなったときに、Visual Studio Codeだといけたことがありました。

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