Chapter 3.4 ゲノムアノテーション・ファイルの解析

当記事は・・・参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」を勉強中の初心者まじめちゃんが、書籍の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。めざせ脱バイオインフォ初心者！

Chapter 3.4では、まずGFF (genetic feature format) や GTF (general transfer format) を操作するための「gffutils」をインストールするところからスタート

こちらは普通にターミナル上で

conda install gfftils

とすればインストールできました。

★

そして毎回詰まるデータファイルのダウンロード、

相変わらずリンクの更新によりダウンロードできず (T T)

fastaファイルがあった Chapter 3.3 のときと同じ場所でgffファイルも見つかりました。

2022年2月4日時点でこちら↓のコードがワークしました！

import gffutils import sqlite3 try: db = gffutils.create_db('https://vectorbase.org/common/downloads/Legacy%20VectorBase%20Files/Anopheles-gambiae/Anopheles-gambiae-PEST_BASEFEATURES_AgamP4.2.gff3.gz', 'ag.db') except sqlite3.OperationalError: db = gffutils.Featuredb('ag.db')

Chapter 3.4は以上です

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