Chpater 3.3 低品質レファレンスゲノムへの対応策

当記事は・・・参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」（著・Tiago Antao／訳・阿久津達也、竹本和広／朝倉書店）を勉強中の初心者まじめちゃんが、書籍の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。めざせ脱バイオインフォ初心者！

またもやデータをダウンロードできない事象が発生しました。

Githubで公開されているコード

!rm -f atroparvus.fa.gz gambiae.fa.gz 2>/dev/null
!wget ftp://ftp.vectorbase.org/public_data/organism_data/agambiae/Genome/agambiae.CHROMOSOMES-PEST.AgamP3.fa.gz -O gambiae.fa.gz
!wget https://vectorbase.org/common/downloads/Pre-VEuPathDB%20VectorBase%20files/Anopheles-atroparvus-EBRO_SCAFFOLDS_AatrE1.fa.gz -O atroparvus.fa.gz

このコードだとA.gambiae、A.atroparvusのゲノムどちらもダウンロードすることができませんでした～(T T)　

リンクがアップデートされたのかと思います。

もう、ほぼお決まりの展開・・・

↓

2022年1月30日の時点で動いたコード

全く同じデータかは分かりませんが、こちらのコードに書き換えたらダウンロードできました。（書籍の解析結果と同じ結果が得られたので、同じゲノムかと思われます）

!rm -f atroparvus.fa.gz gambiae.fa.gz 2>/dev/null !wget https://vectorbase.org/common/downloads/Legacy%20VectorBase%20Files/Anopheles-atroparvus/Anopheles-atroparvus-EBRO_SCAFFOLDS_AatrE1.fa.gz -O atroparvus.fa.gz !wget https://vectorbase.org/common/downloads/Legacy%20VectorBase%20Files/Anopheles-gambiae/Anopheles-gambiae-PEST_CHROMOSOMES_AgamP3.fa.gz -O gambiae.fa.gz

もしこのコードもダメになっていたら以下の探し方で見つけてみてください。

探し方

ひとまずVectorBaseのダウンロードページへ

VectorBase公式ページ↓

https://vectorbase.org/vectorbase/app

ダウンロードページ↓

https://vectorbase.org/common/downloads/

ここを頑張って漁ってみてください。

私が探したときはLegacy_VectorBase_Filesの中にほぼ同じ名前のfa.gzファイルが存在したので、それをダウンロードしました。