Chapter 3.7 Enzemblを用いた遺伝子オントロジーの抽出

当記事は・・・
参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」を勉強中の初心者まじめちゃんが、書籍の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。
めざせ脱バイオインフォ初心者!

今回は前回と同様にEnzembl の REST APIを使って、遺伝子オントロジーを抽出します。

オントロジーとは

情報学の用語で、複数の情報を読んで私なりに解釈したところ

「概念や属性の関係図」という言葉がしっくりきました。(個人のざっくりとした理解です)

その関係性は上位概念を起点として、下位概念に向かって枝を広げています。

これをオントロジー木と呼ぶそうです。

オントロジー木のイメージ図

オントロジーとEnzembl

Enzemblでは最上位概念をmolecular_function、biological_process、cellular_componentとしてオントロジー木を作成することができます。

例えば、「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」の例ででてきたLCT遺伝子だと

molecular function→触媒活性→hydrolase活性→glycosyl結合に対するhydrolase活性→・・・→lactase活性

というオントロジー木ができました。

Enzemblすごく便利ですね・・・!!このツールを使えば、酵素の立ち位置だったり、類似酵素をすぐに調べることができそうです。まさにインフォマティクスの強み・・・

ぜひ自分の研究でも導入していきたいです!(原核生物向けのツールもあるんでしょうか?)

Chapter 3.7デバック記録

途中までは順調に進んでいたのですが、最後に出てくる「pygraphviz」をcondaから全然インストールできないトラブル。。

(わりとよくインストールできないことがあるのですが、なぜなんでしょう・・・)

こちらのページにあるコードを上から順に試しました。

Pygraphviz :: Anaconda.org

ですが、どのコードでもインストールできず。

環境によってはインストールできない場合があるという情報を発見。困る・・・

前に日をあけてインストールし直したらできたことがあったので、後日再度試してみます。

(3日後)

再度インストールしてみましたが、できません。

今必要なモジュールでないので今回は一旦ペンディングにします。

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