Chapter 2.3 基本的な配列解析法
当記事は・・・ 参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」を勉強中の初心者まじめちゃんが、書籍の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。 めざせ脱バイオインフォ初心者！
本節は３ページだけと短め、やることも Chapter 2.2 と同様にしてとってきた配列を転写・翻訳するだけです。
Biopythonから「Alphabet」が無くなりました
今回はアップデートが必要な部分がありました。
2) くらいから登場する「seq. alphabet」ですが、2020年9月にBiopythonから無くなったそうです。
シンプルにコードを書けるように変更されています。
詳細はこちらの情報をご確認ください↓
History and replacement of Bio.Alphabet · Biopython
2) の変更箇所
recs = SeqIO.parse(‘example.fasta’, ‘fasta’)
for rec in recs:
seq = rec.seq
print(rec.description)
print(seq[:10])print(seq.alphabet) ＃最後のseq.alphabetを消します。
3) の変更箇所
元々のバージョン
from Bio import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
seq = Seq.Seq(str(seq), IUPAC.unambiguous_dna)
↓
新しいバージョン
from Bio.Seq import Seq
seq = Seq(str(seq))
コードがシンプルで簡単になってますね！
感想
簡単にRNAやアミノ酸配列に変換できるのはとても便利ですね。
またかなりお世話になりそうな予感がしています・・・！
