Chapter 2.3 基本的な配列解析法

当記事は・・・
参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」を勉強中の初心者まじめちゃんが、書籍の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。
めざせ脱バイオインフォ初心者!

本節は3ページだけと短め、やることも Chapter 2.2 と同様にしてとってきた配列を転写・翻訳するだけです。

Biopythonから「Alphabet」が無くなりました

今回はアップデートが必要な部分がありました。

2) くらいから登場する「seq. alphabet」ですが、2020年9月にBiopythonから無くなったそうです。

シンプルにコードを書けるように変更されています。

詳細はこちらの情報をご確認ください↓

History and replacement of Bio.Alphabet · Biopython

2) の変更箇所

recs = SeqIO.parse(‘example.fasta’, ‘fasta’)
for rec in recs:
seq = rec.seq
print(rec.description)
print(seq[:10])
print(seq.alphabet) #最後のseq.alphabetを消します。

3) の変更箇所

元々のバージョン

from Bio import Seq

from Bio.Alphabet import IUPAC

seq = Seq.Seq(str(seq), IUPAC.unambiguous_dna)

新しいバージョン

from Bio.Seq import Seq
seq = Seq(str(seq))

コードがシンプルで簡単になってますね!

感想

簡単にRNAやアミノ酸配列に変換できるのはとても便利ですね。

またかなりお世話になりそうな予感がしています・・・!

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