Chapter 3.5 レファレンス配列からの遺伝子抽出

当記事は・・・ 参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」を勉強中の初心者まじめちゃんが、書籍の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。 めざせ脱バイオインフォ初心者!

今回は新しくダウンロードするデータはないようで(´▽`) ホッ

1つだけ、2020年9月にBiopythonで廃止されたAlphabetモジュールが使われています。

Alphabetと出てきたらシンプルにその1文を削除していただけたらOKかと・・・

たとえば、最初のAlphabetのインポートはなしで


from Bio import Seq, SeqIO


になります。

alphabet=…系も削除しちゃってください。

たとえば


seq = Seq.Seq('', alphabet=Alphabet.IUPAC.unambiguous_dna)



seq = Seq.Seq(”)


で良いみたいです。

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“Chapter 3.5 レファレンス配列からの遺伝子抽出” への1件の返信

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