Chapter 3.5 レファレンス配列からの遺伝子抽出

当記事は・・・ 参考書「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」を勉強中の初心者まじめちゃんが、書籍の感想を述べたり、書籍中のコードで出てきたエラーを修正していくブログ記事です。 めざせ脱バイオインフォ初心者！

今回は新しくダウンロードするデータはないようで(´▽｀) ホッ

１つだけ、2020年9月にBiopythonで廃止されたAlphabetモジュールが使われています。

Alphabetと出てきたらシンプルにその1文を削除していただけたらOKかと・・・

たとえば、最初のAlphabetのインポートはなしで

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from Bio import Seq, SeqIO

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になります。

alphabet=…系も削除しちゃってください。

たとえば

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seq = Seq.Seq('', alphabet=Alphabet.IUPAC.unambiguous_dna)

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は

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seq = Seq.Seq(”)

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で良いみたいです。

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はじめに　バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ